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郭斐课题组主要从事分子病毒学、抗病毒药物和病毒疫苗学研究，涉及多种病原体相关研究。包括病毒宿主相互作用机制、宿主限制因子抑制病毒复制及病毒拮抗因素的作用机制、相关宿主限制因子抗病毒药物靶点和病毒载体疫苗及佐剂等。承担了国家 “973”、“重大传染病防治科技重大专项”、“国家重点研发计划”、“国家自然科学基金”和“科技部国际科技合作项目”等国家科研项目。研究成果在Nature communications、Cell reports、Science signaling、PLOS genetics、PLOS Pathogens、JVI、JBC、Mol Ther Nucleic Acids.等等SCI杂志上发表学术论文70余篇，专利申请及授权多项。现已培养博士后2名，博士研究生8名，硕士研究生4名，为青年科技人才队伍储备力量。