淋病是世界常见的性传播疾病之一，其病原体淋球菌的耐药性作为严重的公共卫生问题受到重点关注。淋球菌的耐药机制十分复杂，已知的耐药相关位点分布在十余个耐药基因中，并且呈现为单核苷酸多态性、马赛克样变异、质粒获得等多种形式。因此，对一株淋球菌的耐药特征进行完整描述，需要对十余个耐药相关基因测序。如果使用常规的PCR-Sanger测序技术，必须首先在临床样本中分离到淋球菌，然后完成大量的重复实验和序列分析，十分繁琐。

为了解决上述问题，彭俊平课题组基于纳米孔测序技术平台，应用多重PCR扩增子测序的策略，仅使用一个PCR反应就可以在临床样本中直接扩增与淋球菌耐药性相关的十余个基因。利用测序数据进行互相校正，测序的准确度可以达到99.5%以上，检测的灵敏度可以低至31拷贝/微升。同时分析12个临床样本，只需要7-10个小时的时间就能得到耐药相关基因的全序；而对已分离的菌株进行检测则需要的时间更短。

该方法建立之后，可以作为一个通用的流程推广到其他重要病原体，分析其耐药及分子流行病学特征，例如应用于一些生长缓慢、难以培养的病原体，包括结核分枝杆菌、支原体、衣原体、病毒等。该方法可以作为细菌耐药实验室检测体系中的重要一环，为指导临床合理使用抗生素、探索病原体耐药机制提供新的策略与思路。研究得到中国医学科学院医学与健康科技创新工程和国家自然科学基金的资助。