迄今为止，绝大多数在人间流行的传染病病原体都被证实或高度怀疑来源于野生动物宿主或者媒介生物携带病毒的跨种传播，如埃博拉病毒、拉沙热病毒和当前引起全球大流行的新型冠状病毒等。以往我们对野生动物携带病毒的总体特征缺乏系统性研究，对其遗传多样性、进化特征和变异规律等基础问题缺乏研究，在面对新发传染病暴发时，不能快速溯源其源头，因此，亟需阐明与人类新发传染病密切关联的野生动物及媒介生物携带的病毒组特征，加强其基础病毒学及病原学研究，并以此为基础建立完善的监测、预警和溯源体系，从而实现新发传染病防控由被动转向主动的转变，真正将防控关口前移。

翼手目动物（蝙蝠）和啮齿目动物（鼠类）数量多、分布广，是引发动物源性人类新发传染病的两大类最主要的哺乳类野生动物。金奇课题组的吴志强研究员等继2016年在《ISME Journal》、2018年在《Microbiome》等杂志发表系列文章初步揭示了全国范围内代表性蝙蝠和鼠类呼吸道/消化道病毒组特征后，在传染病防治重大科技专项“一带一路”项目的支持下与泰国农业大学等东南亚地区优势单位合作开展了东南亚地区啮齿目动物携带病毒组特征的研究工作，通过对覆盖泰国、老挝和柬埔寨三国18个省30个物种共计3284只鼠类和食虫类等小动物的肺组织样本宏转录组学分析，发现东南亚地区的啮齿目动物的病毒涉及98个病毒科（包含24个哺乳动物病毒科）和多种未分类的RNA病毒，鉴定获得了216个新病毒种/株。其中一些重要病毒如汉坦病毒、砂粒病毒、白蛉病毒、黄病毒和未分类RNA病毒等。

上述研究为国际上首次针对东南亚地区开展大范围、多鼠种的病毒组研究，其结果不仅有助于全面了解动物病毒生态的多样性，而且为构建动物源性传染病预警、溯源诊治体系提供了重要数据，为提升我国应对境外新的动物病毒及可能引发的新发传染病提供了技术支撑。

该工作得到了国家科技重大专项（2018ZX10101001和 2018ZX10711001），国家自然科学基金（81772228）和中国医学科学院医学与健康科技创新工程（2020-I2M-CoV19-010, 2016-I2M-1-014和2017-I2MB&R-12）等项目的资助。